Memory in Death adalah prolog untuk game Prototype. Insiden terjadi pada hari ke-18 infeksi. 

Alex Mercer dihadapkan oleh tentara Blackwatch, di sebelah barat daya Central Park. Mercer berurusan dengan para prajurit dengan beberapa serangan dasarnya. Dia kemudian melanjutkan menuju Times Square. Dia menyaksikan beberapa zombie mencoba untuk mendominasi para prajurit. Dengan dipenuhi kemarahan, Mercer mencabik-cabik setiap prajurit dan zombie dengan kekuatan cakarnya. Dia membantai setiap prajurit yang mencoba melarikan diri dengan serangan Groundspike.

Dengan tewasnya semua tentara, Blackwatch mengirimkan Tank untuk mengatasi situasi tersebut. Mercer menfokuskan kekuatannya untuk membentuk tangannya menjadi Hammerfists (tinju besi). Dia menghancurkan tank dengan berbagai serangan. Zombie di sekitarnya menjadi lebih agresif terhadap Mercer.

Dia bergerak lebih jauh dalam kekacauan ini dan menemukan sekelompok Hunter. Seperti kebiasaan mereka yang kejam, para hunter menyerang personel militer. Mercer yang ingin mengalahkan mereka, menggunakan kekuatan Pedangnya untuk mencabik lebih kuat lagi.

Dengan sebagian besar angkatan bersenjata itu tewas, seorang komandan lapangan memanggil Tim Strike. Upaya terakhir untuk Blackwatch adalah menghilangkan yang terinfeksi di area tersebut. Mercer berlari ke arah komandan itu dan memakannya. Dengan serangan penghancur masal, tim Strike bersama dengan semua personelnya dan juga para zombie yang ada dalam jangkauan sulur Mercer terbunuh.

Setelah kehancuran di area Times Square, Mercer mencapai atap, di mana seorang pria bertopeng berdiri menunggunya.